El conflicto armado interno en Guatemala, el cual duró 36 años, concluyó en 1996 con la firma de los Acuerdos de Paz iniciandose el ambicioso proceso de establecer una sociedad democrática y global. Sin embargo, doce años más tarde, el país está plagado por la generalización de la delincuencia común y organizada y encadenado por un legado de ineficacia por parte de las instituciones del sector justicia. Como en muchos otros países después de los conflictos, la aplicación de los Acuerdos de Paz se ha visto obstaculizada por la debilidad de las instituciones, la falta de voluntad política, y el aumento de delitos violentos.
Hay cerca de 6.000 homicidios por año en Guatemala, incluida la matanza generalizada de mujeres y niños. Sólo el 2% de estos crímenes llegan a juicio. Además, los recientes crímenes de alto perfil han confirmado la infiltración de redes de delincuencia organizada en el Estado de Guatemala. Estos grupos plantean una grave amenaza para el estado de derecho y amenazan con socavar otros avances en la democratización que el país arduamente ha logrado. El Estado enfrenta un reto muy serio en sus esfuerzos para hacer valer el estado de derecho y proteger los derechos humanos fundamentales como son la vida e integridad física de sus ciudadanos.
Un factor particularmente complejo son las contínuas acciones de cuerpos ilegales y aparatos clandestinas de seguridad, las cuales se desarrollaron a partir de las estructuras de contrainsurgencia del Estado y hoy en día aparecen y operan como redes parecidas a las mafias, las cuales están ampliamente relacionadas con actividades económicas ilícitas y crímenes violentos y ejercen fuerte influencia en las diversas instituciones del estado. En el Acuerdo Global de Derechos Humanos de 1994, el Gobierno de Guatemala se comprometió a “combatir cualquier manifestación” de ” fuerzas ilegales de seguridad” y “maquinaria clandestina de seguridad”. No obstante, la Misión de Verificación de las Naciones Unidas para Guatemala conocida como MINUGUA, así como organizaciones de derechos humanos y el Procurador de los Derechos Humanos (Ombudsman), continuaron informando sobre la existencia de dichos grupos, implicándolos en amenazas a los defensores de los derechos humanos así como a los oficiales investigadores del sector de justicia, encargados de los crímenes políticos cometidos durante la guerra; y más ampliamente, en perpetrar crímenes violentos. En particular, las instituciones de los sectores de justicia y seguridad han sido penetradas y socavadas por estas mafias, lo que limita la capacidad del Estado para desmantelarlas.
Después de una ola de ataques contra defensores de los derechos humanos en 2002, una coalición de ONGS de derechos humanos lanzaron una campaña cuyo objetivo era persuadir al Gobierno para que estableciera un órgano encargado de investigar las actividades de estos grupos. A principios de 2003, el Gobierno de Guatemala pidió al Departamento de Asuntos Políticos (DAP) de las Naciones Unidas, asistencia a fin de desarrollar un mecanismo que ayudara al Estado a investigar y enjuiciar los miembros de éstas. Después de debates y una misión de exploración técnica, Naciones Unidas firmó un acuerdo con el Gobierno de Guatemala el 7 de enero de 2004, el cual contenía disposiciones para la creación de la Comisión de Investigación de Cuerpos Ilegales y de Aparatos Clandestinos de Seguridad (CICIACS). Sin embargo, el acuerdo propuesto generó amplia controversia en Guatemala y enfrentó una fuerte oposición en el Congreso. Finalmente, se solicitó la opinión al Corte de Constitucionalidad sobre varios puntos, y el fallo fue que ciertas partes del acuerdo violaban la delegación constitucional exclusiva de poder el Ministerio Publico.
El Gobierno de Guatemala reescribió el texto para eliminar todas las cuestiones inconstitucionales planteadas por la CC y se acercó de nuevo al Departamento de Asuntos Políticos, a finales de 2005 con una petición para negociar el establecimiento de una comisión con un mandato revisado y un nuevo escrito le fue entregado al Secretario General el 31 de mayo de 2006. Prosiguieron las conversaciones con el Departamento de Asuntos Políticos, y el acuerdo para establecer la Comisión Internacional contra la Impunidad en Guatemala (CICIG), se firmó con las Naciones Unidas el 12 de diciembre de 2006, ratificado por el Congreso de Guatemala el 1 de agosto de 2007, y entró en vigor el 4 de septiembre, cuando el Estado de Guatemala notificó a la ONU que había completado sus procedimientos internos para su aprobación y ratificación. Diez días más tarde, el Secretario General de la ONU nombró al Comisionado Carlos Castresana Fernández para estar al frente de la CICIG.