La CICIG tiene varios mecanismos de rendición de cuentas:
- La CICIG está plenamente financiada mediante contribuciones voluntarias de los Estados miembros a un Fondo Fiduciario administrado por el programa de las Naciones Unidas para el desarrollo (PNUD). El PNUD proporciona informes financieros trimestrales a todos los donantes. Además, cada año se realiza una auditoría independiente en virtud de las normas y reglamentos del PNUD y se comparte con los países donantes.
- La CICIG publica un informe anual que describe todas sus actividades. El informe es público y se presenta a las autoridades gubernamentales, a la comunidad internacional y a la sociedad guatemalteca en general en un evento público cada otoño.
- Cada año, las Naciones Unidas y Guatemala co-organizan una reunión informativa sobre la CICIG en la UNHQ (Sede de las Naciones Unidas) en NY. En estas reuniones, el Comisionado y las autoridades gubernamentales presentan avances. La última se tuvo en 2017.